Sonic, Knuckles și Tails se reunesc împotriva unui nou adversar puternic, Shadow, un răufăcător misterios cu puteri diferite de orice s-au confruntat până acum. Cu abilitățile lor depășite din toate punctele de vedere, Echipa Sonic trebuie să caute o alianță puțin probabilă în speranța de a opri Shadow și de a proteja planeta.